ただのメモなのでほかの人の環境で動くかどうかは知らないです。
コマンドラインからの実行
freeroutingはコマンドラインから実行できます。 適当にパスを通した上で適当な箇所で以下のように実行できます。
freerouting -de your.dsn -do your.ses -dr your.rules -mp number_of_pass_you_want_to_perform
これを例えばps1ファイルとして置いておくことで、powershellから呼べばファイル選択からファイル保存までやってくれます。
ただし、配線が完了したかによらずに、mpで指定した回数で打ち切られます。 つまり、配線しそこなった状態でsesが出力されることもあります。 必ず未配線チェックをしたうえで、部品配置やルール、重要な配線の引き方を見直してください。